Quels enjeux et objectifs sur ce site ?
L’agriculture est la principale activité économique de ce site Natura 2000.
Basée traditionnellement sur la polyculture et l’élevage, elle tend toutefois à évoluer vers des pratiques plus intensives et notamment vers la culture
céréalière et le maraîchage.
Les prairies inondables, encore bien présentes, constituent un des enjeux principaux du site : l’objectif est d’y maintenir une activité agricole adaptée à leur conservation tout en favorisant leur valorisation économique.
Quelques reliquats de forêt alluviale (y compris 
ripisylve) persistent également sur le site. De très grand intérêt écologique, ces milieux sont dans des états de conservation assez hétérogènes et nécessitent une attention toute particulière en terme de gestion.
Ces boisements alluviaux disparaissent aussi parfois au profit de peupleraies.
Enfin, une grande diversité de milieux humides existe encore sur le site avec notamment la présence de très nombreux bras morts. Mais ces zones humides sont également de plus en plus menacées. Souvent déconnectées du Doubs, elles se comblent progressivement de matériaux du fait de l’abaissement de la nappe et disparaissent soit lors des retournements de prairies, soit faute d’entretien régulier.
La recréation ou l’entretien de tels milieux est également l’un des enjeux principaux du Document d’objectifs.
Quels contrats possibles ?
Plusieurs types de contrats sont proposés aux usagers et gestionnaires du site en fonction de leurs activités et des milieux naturels concernés.
Quelques exemples :
- Sur les zones agricoles :
- Fauche des prairies retardée à partir du 15 juin
- Absence de fertilisation
- Limitation de la pression de pâturage
- Reconversion de cultures en prairies
- Entretien de haies
- Entretien des arbres « têtards »
- Hors zones agricoles :
- Restauration de secteurs de ripisylve et de forêt alluviale
- Restauration de bras morts, frayères, mares, zones humides
- Mise en place de régénération assistée en forêt
- Entretien des arbres têtards