Pour la conservation de ces milieux riches, le dispositif Natura 2000 propose plusieurs types de mesures permettant de concilier les problématiques environnementales avec les activités socio-économiques. 
Le maintien de la zone d'expansion des crues et de l'inondabilité hivernale sont fondamentaux pour le bon fonctionnement hydrologique du site et pour la conservation des d'habitats naturels tels que la forêt alluviale ou les prairies humides. L'évolution des pratiques agricoles et le développement urbail sont également des facteurs qui peuvent inluer sur l'avenir des prairies du val de Saône.
- Des mesures agro-environnementales territorialisées (MAEt) sont aux agriculteurs sur le site du Val de Saône. L'animation des MAEt auprès des exploitants est réalisée par la Chambre d'Agriculture de l'Ain.
Les exploitants du site, selon les secteurs du site, ont accès à deux types de mesures. Ils s'engagent pour des 5 ans et, en contrepartie, touche une indemnité relative au manque à gagner qu'induisent les changements de pratiques.
- Mesure 1 : fauche des prairies retardée au 15 juillet dans les secteurs où une population de Râle des genêts est présente (secteurs localisés de Sermoyer, Arbigny, Saint-Bénigne, Pont-de-Vaux et Replonges).
- Mesure 2 : fauche des prairies retardée au 5 juillet sur le reste du site Natura 2000.
A ce jour, et après 3 années de contractualisation, 500 ha de prairies ont été engagés dont 150 ha pour une pratique de la fauche au 15 juillet et 350ha au 5 juillet.
D’autres mesures de conservation peuvent également être mises en place sur les milieux non-agricoles par le biais de Contrats Natura 2000.
Des études sont conduites par la Chambre d'Agriculture de l'Ain pour rechercher des méthodes de lutte contre le developpement de l'Euphorbe ésule, espèce toxique pour le bétail et qui peut, à terme, devenir une menace pour l'agriculture dans le val de Saône.
- Restauration ou entretien de mares
L'objectif est de restaurer la fonctionnalité des mares par leur entretien ou la remise en état et ainsi préserver la biodiversité inféodée à ces milieux.
- Maintien des boisements existants et conservation des espèces qui y sont inféodées
L'objectif prévoit d'une part de veiller au maitien du caractère insulaire et boisé de l'île de la Motte en vue de favoriser la reproduction des différentes espèces de hérons qui la fréquente.
D'autre part, il s'agit de poursuivre l'exploitation traditionnelle du Bois de Maillance en taillis sous-futaie et contribuer à amélioree la diversité d'habitats au sein du boisement