La Confluence Saône Grosne possède une grande variété d'habitats naturels (prairiaux, forestiers, humides,...) protégés à l'échelle européenne. C'est également un refuge pour la faune puisqu'elle abrite de nombreuses espèces patrimoniale : insectes, amphibiens, chauves-souris, oiseaux...
Ce territoire inondable, implanté entre les confluences de la Saône avec la Grosne (au nord) et avec la Seille (au sud), représente une entité écologique particulièrement riche.
Tributaires tout au long de l'année des variations du régime hydrique de la Saône, les habitats naturels présents sur le site sont variés et souvent rares à l’échelle nationale voire européenne. On y dénombre ainsi 7 habitats d'intérêt communautaire dont 1 d’intérêt communautaire prioritaire (les codes de la Directive Habitats sont ici précisés pour information) :
Les habitats ouverts :
- les prairies de fauche mésophiles à mésohygrophiles de la plaine inondable (6510)
- les communautés hautes à Reine des prés et les ourlets humides à grandes herbes en bordure des cours d'eaux et des fossés (6430)
Les habitats forestiers : 
- les forêts de Frênes et d'Aulnes des cours d'eau (91EO) (photo ci-contre)
- les forêts mixtes de Chênes, d'Ormes et de Frênes des plaines des grands fleuves (91FO)
- les boisements de chênes et de charmes sur sol limoneux (9160)
Les habitats humides et aquatiques :
- la végétation flottante libre des mares et des bras morts eutrophes (3150)
-
les communautés annuelles colonisant les dépôts de limons découverts par marnage (3270)
Les espèces d'Intérêt Communautaire
Des sols sains aux sols les plus humides s'étendent des prairies inondables de fauche et de pâture caractérisées par la présence de nombreuses espèces végétales à forte valeur patrimoniale telles que la Marsilée à quatre feuilles, le Sysimbre couché, la Gratiole officinale (photo ci-contre), la Violette élevée, la Renoncule à feuilles d'Ophioglosse, l'Orchis brûlée, l'Orchis grenouille, l'Orchis à fleurs lâches et la Fritillaire pintade.
Notons que ce site est également classé au titre de la Directive Oiseaux puisqu’il accueille en période de 
reproduction plusieurs espèces d'oiseaux remarquables telles que le Râle des genêts (photo ci-contre), espèce en régression à l'échelle européenne (ici sont recensés les derniers couples de Bourgogne). Lors d'une belle soirée de printemps, il vous sera peut-être possible d'entendre aux abords d'une prairie de fauche, son chant caractéristique...
Pour écouter son chant, cliquez ici 
D'autres oiseaux non moins emblêmatiques fréquentent le site Saône - Grosne : citons notamment le Courlis cendré et la Cigogne blanche (photo ci-contre). Plus d'une quarantaine d'espèces d'oiseaux fréquentant le site est inscrite à l'annexe I de la Directive Oiseaux !
Les bas fonds les plus humides, les biefs, les fossés enherbés et les bras morts sont utilisés par le Brochet (photo ci-contre) en période de reproduction pendant les mois de janvier à mars lors des crues. Ces secteurs humides accueillent également le Cuivré de marais qui se reproduit sur les rumex et la Rainette verte qui affectionne les petits bosquets et les haies à proximité des zones humides.
De nombreuses espèces de libellules fréquentent également ces milieux humides. Elles sont présentes autour des points d'eau, des zones humides, en bords de rivières... Quant aux mares, elles accueillent parfois le Triton crêté.
Quelques parcelles de forêts alluviales à bois dur dans le lit majeur (chênaie pédonculée à Frêne et Orme) et plus localement des forêts à bois tendre (Aulne et Saule) sont recensées. Ces milieux attirent différentes espèces de Chauve-souris telles que le Grand Murin ou des insectes remarquables tels que le Lucane cerf-volant (photo ci-contre).
