Le site Vallée de la Saône est composé d'une mosaique de milieux qui constituent des habitats (forestiers, prairiaux, humides,...) protégés à l'échelle européenne. Ces derniers habritent de nombreuses espèces, végétales et animales d'intérêt patrimonial.
Malgré les modifications de certains secteurs, le lit majeur de la Saône regroupe encore de nombreux milieux naturels typiques et bien individualisés dans lesquels les groupes végétaux aquatiques, prairiaux ou forestiers restent bien préservés. La biodiversité du Val de Saône, notamment liée aux inondations, se caractérise par une mosaïque de milieux naturels à forte valeur patrimoniale comme les prairies humides, les forêts alluviales et les milieux aquatiques (mares, baissières, bras morts, rus…). Ces prairies et forêts alluviales sont caractérisées par une grande diversité d’espèces animales et végétales souvent menacées.
Les Habitats Naturels d'Intérêt Communautaire :
La vallée de la Saône possède une grande variété de milieux. En Haute-Saône cette vallée alluviale représente à la fois un réservoir de richesses biologiques et écologiques, une zone de reproduction et de refuge pour de nombreuses espèces ainsi qu’une ressource économique et touristique importante.
Le Val de Saône constitue une vaste zone humide dont la richesses du patrimoine écologique est reconnue au niveau national et européen. En l'état actuel des connaissances, 10 habitats d’intérêts communautaire (dont 2 prioritaires) sont rescencés sur le site. Une étude, en cours de finalisation sur les milieux ouverts devrait avant la fin 2012 préciser ces chiffres. Malgré la mise en culture de certains secteurs, les prairies inondables du lit majeur constituent encore des complexes fonctionnels bien typiques et bien individualisés dans lesquels les groupements végétaux aquatiques, prairiaux ou forestiers restent remarquables.
Milieux ouverts :
Parmi les groupements herbacés constituant le lit majeur de la vallée, on distingue :
L’arrhénathéraie à Colchique, prairie qui se développe sur les niveaux topographiques supérieurs. Elle est menacée par les cultures en raison du caractère temporaire et court de l’inondabilité du sol.
Les prairies inondables à Brome mou et à Séneçon aquatique et
pâture mésohygrophile
occupent la plus grande partie de la surface alluviale, sur les niveaux topographiques moyens et inondables. Elles présentent une grande diversité floristique, caractéristique des couloirs alluviaux.
Les prairies longuement inondables à Oenanthe fistuleuse
etle groupement pâturé inondable à Vulpin genouillé
sont des groupements rencontrés dans les dépressions mouillées une grande partie de l’année. Deux espèces végétales protégées leur sont associées : la Stellaire des marais (Stellaria palustris Hoffm.) et la Gratiole officinale (Gratiola officinalis L.). Ces groupements assurent la transition topographique entre les prairies de niveau moyen et les groupements plus humides ou aquatiques.
L’ensemble de ces prairies est actuellement géré en fauche, pâturage ou système mixte ; les apports de fertilisants sont généralement faibles à nuls. On peut considérer qu’il s’agit de milieux naturels fragiles, menacés par des processus d’intensification (amendement ou mise en culture) ou de conversion (plantation de peupliers) qui ont, jusqu’à présent, relativement épargné le site. Des formations plus linéaires ou ponctuelles de mégaphorbiaies, cariçaies et roselières sont associées à ces ensembles prairiaux. En quelques endroits, ces groupements peuvent atteindre une extension importante (à Rupt-sur-Saône, par exemple).
Des formations plus linéaires ou ponctuelles de mégaphorbiaies à reine des prés, cariçaies et roselières sont associées à ces ensembles prairiaux. En quelques endroits, ces groupements peuvent atteindre une extension importante (à Rupt-sur-Saône, par exemple).
Milieux forestiers :
Dans le lit majeur de la Saône, se développent également plusieurs types de forêts :
La chênaie frênaie ormaie inondable est bien représentée dans la plaine d’inondation de la Saône. Seule cette vallée (et la zone de confluence avec l’Ognon) présente ce groupement en Franche-Comté. Elle est fragmentaire en amont de Gray (confluences de la Lanterne et de la Superbe, Rupt-sur-Saône, Mercey, Autet) pour devenir plus importante sur la partie basse où elle formait un continuum jusqu’à l’aval de Pontailler-sur-Saône. Ces forêts sont marquées par un régime d’inondation régulier (de quelques décimètres à plus d’un mètre) et sont installées sur des terrains fertiles. Marqués par une grande productivité, ce sont des milieux forestiers exceptionnels par la diversité des essences telles que l’Orme lisse ou le Frêne oxyphylle. Ce dernier est une espèce supraméditerranéenne et ces secteurs constituent les stations les plus septentrionales de l’est de la France.
Des aulnaies* apparaissent dans les secteurs engorgés du lit inondable. Elles sont très localisées (Chaux-les-Port par exemple).
Les saulaies* et aulnaies-frênaies de rives* , malgré leur fonction stabilisatrice des berges et épuratrices des eaux, restent fragmentées car supplantées par les peupleraies*. Elles restent malgré tout bien développées sur la basse vallée de la Lanterne. Quelquefois, ces aulnaies-frênaies forment des bois tels que le bois de la Vaivre à Ovanches et le bois des Vernes à Vauchoux.
L’érablaie-tiliaie à Scolopendre* est très localisée, de manière linéaire, sur les zones de pente en front de faille des plateaux calcaires sous-jacents. La diversité végétale y est très élevée.
Milieux humides :
L’intérêt des habitats prairiaux et forestiers est renforcé par la présence de bras secondaires, de bras morts et de mares temporaires ou non. Ces milieux abritent une végétation originale avec plusieurs espèces protégées.
Ces milieux, sont constitués de nombreux bras morts du Val de Saône lorsque l’eau est stagnante. On y trouve notament les habitats d'intérêt communautaire :
- Lacs eutrophes naturels avec végétation du Magnopotamion ou Hydrocharition
- Rivières avec berges vaseuses avec végétation du Chenopodion rubri p.p. et du Bidention p.p.
- Eaux oligo-mésotrophes calcaires avec végétation benthique à Chara spp.
Espèces d'intérêt communautaire :
Flore :
10 espèces végétales protégées ; la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), l’Aloès d’eau (Stratiotes aloides L.), le Butome en ombelle (Butomus umbellatus L.), la stellaire des marais (Stellaria palustris Hoffm.)
Faune :
56 espèces animales protégées dont le Grand Rhinolophe la rainette verte ou encore le Courlis cendré.
Mammifères :
Outre le Castor d'Europe dont le retour est suspecté, à la confluence entre la Saône et la Lanterne, le site de la Vallée de la Saône accueuille 17 espèces de chauves souris, dont 7 d'intérêt communautaire. Ainsi, le Grand Rhinolophe, le Minioptère de Schreibers, le
Vesper
tilion
de
Daubenton
et le Grand Murin se reproduisent chaque année sur le site. Les cavités et arbres gites de bord de Saône contituent des lieux d'hivernages pour le Petit Rhinolophe, et le Grand Rhinolophe. Enfin, des espèces tels que la Barbastelle, le Vespertilion à oreilles échancrées, et le Vespertilion de Bechstein sont fréquemment observés. Pour mémoire, toutes les espèces de chauves souris sont en France protégées.
Amphibiens :
Douze espèces d'Amphibiens sont connues au sein du périmètre Natura 2000 Val de Saône, parmi lesquelles 10 sont intégralement protégées et 2 sont inscrites à l'annexe II de la "directive habitats", le Triton crêté et le Sonneur à ventre jaune.
Poissons :
Parmi les nombreuses espèces de poissons peuplant la Saône et ses affluents, trois sont d'intérêt communautaire en raison de leur rareté et de leur état de conservation. C'est le cas notament de la Bouvière, du Toxostome et du Chabot. Par ailleurs, la présence d'une autre espèce d'intérêt communautaire est pressentie sur le site, il s'agit de l'Apron du Rhône, espèce endémique et dont la responsabilité de conservation repose sur quelques départements francais dont la Haute Saône.
Oiseaux :
Qu'il s'agisse de haltes migratoires ou de nidification, le site de la Vallée de la Saône et plus spécialement la confluence avec la Lanterne fait partie des lieux les plus riches en diversité d'espèces d'oiseaux de Franche Comté.
La spécificité des habitats prairiaux de bord de Saône permet la nidification de passereaux de prairies humides telles que le
Tarier des prés
et le le Pipit farlouse. Ces prairies sont également un site de nidification privilégié pour une espèce extrèmement menacée, leRâle des genêts
. Les haies ceinturant ces prairies habritent d'autres espèces comme lesPie-grièche écorcheur
,Pie-grièche à tête rousse
,Pie grièche grise
.
En marge des espèces, trois espèces de limicoles menacées se reproduisent dans les prairies du val de Saône, le
Courlis cendré
, leVanneau huppé
et laBécassine des marais
.Les forêts humides ou de pente jouxtant le cours d'eau sont des habitats propices aux pics. Nichent par exemple en bord de Saône, le
Pic mar
, lePic cendré
et lePic noir
, mais également dans les milieux forestiers plus ouverts,l'
Alouette lulu
.
Les roselières ou saulaies qui se sont développées sur les anciens bras ou les zones plus lentiques sont favorables à des espèces telles que le
Blongios nain
, laMarouette ponctuée
, et leHéron pourpré
. Sur les berges abruptes errodées par la rivère quand à elles constituent l'habitat privilégié d'espèces comme leM
artin pêcheur d'Europe
, et l'Hirondelle des rivages
.
Enfin, le site de la Vallée de la Saône habrite un important cortège de rapaces diurnes comme le
Milan royal
, leMilan noir
, mais également les plus raresB
usard Saint Martin
et Busard cendré
.
Les invertébrés :