Quels enjeux et objectifs sur ce site ?
La variété des paysages présents sur le site, permet 
l’accueil d’une grande diversité d’oiseaux.
Le paysage de l’interdigue se caractérise par la présence de nombreuses prairies pâturées et fauchées représentant environ la moitié de la surface du site. La présence de ces prairies, témoignant d'une pratique d'élevage encore importante, contrastent avec l’activité céréalière s’exerçant à proximité immédiate dans la plaine du Finage.
Cependant, des modifications dans les pratiques sont 
observées : retournement de prairies en cultures , fauches de plus en plus précoces, fertilisation parfois importante, arrachage des haies ou plantation de peupliers...
Ces évolutions rendent les prairies moins propices à l'accueil des espèces typiquement prairiales comme le Râle des genêts ou le Courlis cendré qui établissent leurs nids au sol, au sein d'une végétation haute.
L'un des objectifs principaux sur le site est donc le maintien d’une activité d’élevage extensive adaptée à la conservation de ces prairies et au réseau bocager qui leur est lié.
L’activité piscicole sur les étangs du site contribue également largement au maintien d’espèces telles que le Busard des roseaux ou le Blongios nain qui affectionnent les roselières bordant ces plans d’eau.
Un des enjeux réside donc dans la conservation des pratiques de gestion extensives et traditionnelles sur ces milieux.
La dynamique naturelle du Doubs crée des îles et des grèves sur lesquelles quelques couples de Sternes pierregarin et d’OEdicnèmes criard nichent chaque année. L'APPB en vigueur depuis 1992 réglemente l’accès à certaines de ces grèves accueillant ces oiseaux nicheurs rares
Un autre enjeu consiste donc à veiller à la quiétude de ces espèces au cours de leur cycle de reproduction.
Les nombreuses annexes quatiques (mortes, mares...), sont en relation directe avec les fluctuations du Doubs. Elles permettent notamment la reproduction du
Brochet en fin d’hiver et accueillent une grande diversité d’espèces végétales.
Ainsi les dépressions humides sont moins souvent alimentées en eau, les bras morts se déconnectent plus fréquemment conduisant à une fermeture progressive de ces milieux annexes au Doubs. Par ailleurs, ces zones humides avec le cortège d’espèces qui leurs sont associées souffrent de l’enfoncement du lit du fond du Doubs.
Des actions sont prévues pour rouvrir ces milieux et assurer leur fonctionnalité notamment vis à vis de la fraie des poissons.
Enfin, directement liés à la dynamique de la rivière, les boisements alluviaux jouent un rôle important dans le maintien des berges. Ils sont en outre de nouveau fréquentés par le Castor d’Europe (données 2011 ONCFS 71 et 39).
Quels contrats possibles ?
Plusieurs types de contrats sont proposés aux usagers et gestionnaires du site en fonction de leurs activités et des milieux naturels concernés.
Quelques exemples :
- Sur les zones agricoles :
- Fauche des prairies retardée à partir du 15 juin ou du 15 juillet
- Absence de fertilisation
- Limitation de la pression de pâturage
- Reconversion de cultures en prairies
- Entretien de haies
- Entretien des arbres « têtards »
- Hors zones agricoles :
- Restauration de secteurs de ripisylve et de forêt alluviale
- Restauration de bras morts, frayères, mares, zones humides
- Entretien de la végétation des étangs
- Mise en place de régénération assistée en forêt