Quels enjeux et objectifs sur le site ?
L’enjeu principal sur le Val de Saône Haut-Saônois est la préservation des milieux agricoles et plus particulièrement des prairies inondables. Sur ce site l'état de conservation des habitats prairiaux n'est pas homogène de l'amont à l'aval de la vallée. D’une manière générale, plus on s’approche de l’aval du site plus les zones ayant un état de conservation favorables sont morcelées.
Suivant l’état de conservation plusieurs secteurs peuvent être distingués :
Les secteurs, de Baulay à Conflandey, de la boucle d’Ovanche (de Traves à Fédry) et le secteur de Membrey sont encore peu dégradés.
Sur les autres secteurs de la partie centrale du Val de Saône (de l'aval d'Ormoy à Savoyeux), les zones au statut favorable sont plus disséminées, quoique localement encore bien représentées (Jussey…).
En aval de Savoyeux, et plus particulièrement en amont et en aval de Gray, les prairies humides en bon état de conservation sont de plus en plus morcelées, et la proportion des parcelles drainées et mises en culture augmente considérablement. Dans une moindre échelle le même phénomène existe dans la partie la plus au nord du Val de Saône haut-saônois (de Jonvelle à Ormoy), mais concerne cependant une zone où la vallée inondable est naturellement plus étroite et moins propice aux vastes étendues de prairies humides.
Le second enjeu porte sur la conservation des habitats forestiers d’intérêt communautaire et d’intérêt communautaire prioritaires. Leur état de conservation est jugé globalement assez bon à bon. Cependant, les superficies restreintes de ces habitats sur la vallée (1 544,7 ha dont seulement 11,7 % sont prioritaires) nécessitent une grande vigilance sur leur évolution et sur leur gestion.
Quels contrats possibles ?
Plusieurs types de contrats sont proposés aux usagers et gestionnaires du site en fonction de leur activité et des milieux naturels concernés. Quelques exemples :
Sur les zones agricoles : 
- Fauche tardive
- Limitation de la fertilisation
- Reconversion de cultures en prairies
Hors zone agricole :
- Entretien et restauration de secteurs de ripisylve
- Conservation d’îlot de sénescence et d’arbres sénescents
- Restauration de forêts alluviales
- Restauration de mare
- Entretien de bras morts
- Entretien de roselières